몇몇 함선들은 은밀한 작전에 특화되어있다. 이들을 코버트옵스 함선이라고 한다. 특징으로 대부분 Covert Cynosural Field Generator I와 Covert Ops Cloaking Device II를 피팅할 수 있으며 블랙옵스의 코버트 점프 포탈을 타고 점프 드라이브를 할 수 있다.

Corvert Modules	Cloaking	Cynofield	Jumpportal Enter
프리깃 - 코버트옵스
프리깃 - 스텔스바머
크루저 - 포스 리콘쉽
크루저 - 스트래티직 크루저 1)
배틀쉽 – 블랙옵스
인더스트리얼쉽 - 블록케이트러너
Prospect
Astero
Stratios

블랙옵스는 코버트 클로킹은 사용할 수 없지만 기본적으로 클로킹 페널티 감소 보너스가 달려있다.

Covert Ops Cloaking Device II
코버트 옵스 클로킹 모듈의 가장 큰 특징은 일반 클록과 달리 클로킹한 상태로 워프할 수 있다는 것.

또한 일반 클로킹에 비해 다음 특징을 가지고 있다. 괄호는 T1 일반 모듈의 성능

• 클로킹시 속도 감소 없음 (-90%)
• 타게팅 속도 감소 없음 (-50%)
• 클로킹해제시 타게팅시스템 회복시간 10초 (30초) 클로킹 스킬을 다 치면 5초까지 줄어듬

T2 배틀쉽 블랙옵스 함급은 분류상 코버트옵스는 아니지만 일반 클로킹 모듈에 달려있는 페널티를 상당히 완화시켜주는 보너스들이 달려있다.

• 클로킹 해제시 타게팅 딜레이가 없어짐
• 재클로킹 딜레이가 5초로 감소
• 블랙옵스 자체 롤 보너스로 클로킹시 속도 650% 보너스

결국 통상의 클로킹 장비가 가지고 있었던 여러 패널티가 다 사라졌기 때문에 클로킹 상태로 몰래 다가가 덮치는 플레이가 가능해진다. 일단 센서 재정렬 시간(즉 클로킹 해제 후 락온 선딜)은 남아 있어서 스킬을 다 쳤을 시 당하는 입장에서는 5초의 기회가 있긴 한데, 딴짓하고 있다가 갑자기 등 뒤에서 적이 나타난 상황에서 5초란 시간은 너무나도 짧기 때문에 비전투형 함선으로썬 매우 위협적이다. 이런 PVP에 대한 리스크가 없다시피 한 특징 때문에 PVE유저가 PVP에 간편하게 입문할 수 있는 기회가 되기도 한다. 자기처럼 PVP하러 온 사람(그것도 자신보다 PVP에 익숙할)들과 비슷한 조건에서 싸우는 것보다는 PVP에 무력한 사람들에게 이길 수 없는 PVP를 강요하는게 훨씬 쉽고 편할 테니까. 한 마디로 약자에게 강하고 강자에게 약하다.

Covert Cynosural Field Generator I
일반 사이노에 비해 다음 특징을 가지고 있어서 빠르게 플릿을 점프 드라이브로 날라오게 할 수 있으며 사이클이 1/10밖에 되지 않아 빠르게 빠질 수 있다. 괄호는 일반 모듈의 성능

• 사이클 1분 (10분)
• 연료 50개 (500개)
• 사이노필드가 성계 전체의 오버뷰에 표시되지 않음
• 블랙옵스 함급 점프 드라이브 가능
• 일반 점프 드라이브와 연결 불가능
• 사이노 재머가 작동중인 성계에서도 작동 가능

Covert Jump Portal Generator I
블랙옵스 함급만 사용 가능하며, 점프 드라이브가 탑재되지 않더라도 위의 코버트 옵스 함선이라면 탈 수 있는 포탈을 생성한다.

• 사이클 20초 (60초)
• 작동하는데 스트론튬 미사용²⁾ (500개)